En 1990, le MAPAQ démarre un nouveau programme d’appellations contrôlées, inspiré des appellations d’origines déjà bien ancrées en Europe, sous le sceau de « Québec Vrai ». Plusieurs denrées alimentaires ont alors porté cette appellation, y compris les produits biologiques. Cependant, ce programme n’a pas connu le succès escompté.

En 1991, l’OCIPB (Organisation pour le contrôle de l’intégrité des produits biologiques) voit le jour par le biais du tandem MAPAQ/ UPA et utilise le sceau produit biologique certifié « Québec Vrai ». Cependant, dès 1992, le MAPAQ signifie à l’OCIPB et à la FABQ (Fédération d’agriculture biologique du Québec) que la certification Québec Vrai devra éventuellement s’autofinancer.

En 1995, le MAPAQ met officiellement fin au financement de l’OCIPB et ne financera plus aucune certification biologique à l’avenir. La FABQ achète en 1996, pour un montant symbolique, la marque de certification Québec Vrai pour répondre à une demande des producteurs qui veulent conserver son utilisation. Cependant, l’assemblée générale de la fédération donnera comme mandat à son conseil d’administration de se défaire de cet organisme afin d’en assurer la neutralité.

Le 27 février 1997, après maintes péripéties, l’Organisme de certification Québec Vrai reçoit ses lettres patentes et devient officiellement un organisme à but non lucratif géré par ses membres, par l’intermédiaire d’un conseil d’administration composé de 5 administrateurs élus à l’assemblée générale annuelle.